Пропущена ветвь
Основной силуэт совпадает с экспертным выделением, но небольшое ответвление отсутствует.
Проверка выделения
Две модели могут получить близкую общую оценку и ошибаться по-разному. Чтобы выбрать подходящий результат, нужно заранее определить структуру, значимую ошибку и способ экспертного сравнения.
Учебные примеры объясняют методику и не являются результатами испытаний продукта.

Два несовершенных результата
Основной силуэт совпадает с экспертным выделением, но небольшое ответвление отсутствует.
Ответвление сохранено, однако локальный участок внешней границы проходит иначе.
Если исследование посвящено ветвлению, первый вариант не отвечает на главный вопрос. Если критично положение внешней границы, второй вариант может оказаться неприемлемым. Одна сводная оценка может скрыть эту разницу.
Поэтому проверка начинается с предмета: какую структуру выделяем и какая ошибка способна изменить решение специалиста.
Экспертное сравнение
Назвать структуру, область и особенности, которые должны быть различимы на исходных данных.
Зафиксировать экспертное выделение или иной способ сравнения и правила разбора разногласий.
Отдельно учитывать пропуски, лишние области, ложные соединения и смещения границы.
Записать версию метода, настройки, ручные исправления и технические отказы.
Трубчатые структуры
Одна структура превращается в несколько несвязанных фрагментов. Проверяют непрерывность и место обрыва, а не только площадь совпадения.
Основной ствол сохранён, но боковой участок отсутствует. Нужна отдельная проверка ветвления или заранее выбранных сегментов.
Соседние структуры ошибочно объединены перемычкой. Проверяют топологию и показывают специалисту конкретный участок соединения.
Связность выглядит верной, но поверхность локально проходит иначе. Здесь полезны измерения границы в значимой области.
Выбор проверки следует из цены конкретной ошибки для исследовательского вопроса. Ни одна метрика не заменяет это решение и экспертный разбор спорных участков.
Измерения
Показатель сходства областей может быть полезен для общей формы и почти не заметить потерю тонкой ветви. Расстояние между границами отвечает на другой вопрос. Название метрики само по себе не делает её подходящей.
Сначала описывают ошибку и последствия, затем выбирают измерение. Этот принцип систематизирован в Metrics Reloaded.
Итог проверки
Отчёт должен позволять понять, где метод помогает, где ошибается и на каких данных получен вывод.
Далее: совмещение изображений